科学与宗教在人类起源问题上产生分歧的原因：

基督教将上帝造人视为天经地义，生物进化论有力挑战了封建神学创世说。在教会和保守势力看来，这不仅是对神和宗教的极大亵渎，更是对人类尊严的莫大伤害。1860年，发生了牛津大主教威尔伯福斯与进化论的支持者（达尔文学派）赫胥黎之间的一次大辩论。科学与宗教在人类起源问题上产生分歧的原因，一是科学认识程度的差异，二是教会和进化论者所代表的利益的差异，教会既是封建残余势力的利益代表又习惯于固守封建神学观，进化论思想反映了新兴资产阶级的要求。

教会的禁锢——神创说：

（1）内容：认为世界万物，包括人类，都是由至高无上的创世神创造的。
（2）原因：
①生产力落后，对自然界的认识非常有限；
②生物知识缺乏；
③统治阶级巩固统治的需要，宣扬神秘主义，推行愚民政策；
④宗教盛行，推行精神独裁。
（3）影响：
①成为基督教会的精神支柱，被视为天经地义。
②打击异端，致使生物学研究进展缓慢。

教会打击异端表现：

（1）16世纪，西班牙医生塞尔维特为了进行血液循环的研究，违反教会不许解剖人体的禁令，被教会以异端罪判处死刑。
（2）17世纪被罗马教皇处死的布鲁诺：

中世纪教会对科学家的迫害：

科学上的每一项成就，都是对宗教和传统的神学权威的一次有力打击，因此，不论是天主教还是新教，对于自然科学的研究活动都是禁止和阻挠的。许多科学家为追求真理而被送进了宗教裁判所的牢狱和火刑场。
1、创立了解剖学的尼德兰外科医生维萨留斯（1514—1564），在1543年写了一本附有插图的著作《论人体构造》。这本书对于研究人的骨、脉、脑及内脏等贡献很大，为后来发现血液循环打下了基础。天主教会认为他的研究成果“大逆不道”，西班牙宗教裁判所宣判了他的死刑。由于国王腓力二世的干涉，维萨留斯被免于火焚，但在受命朝拜耶路撒冷圣地的归途中死去。
2、西班牙医生塞尔维特（1509—1553）是血液循环理论的重要发现人之一。他在所写的名著《基督教的复兴》（1553年出版）中，提出了人的心肺之间血液小循环的学说。但他也因此在日内瓦被新教的加尔文等人处以火刑，经慢火活活烤了两个小时才死去。
3、德意志的天文学家开普勒（又译为刻卜勒，1571—1630），因为继承和发展了哥白尼的“日心说”，结果遭到教会的多次迫害，他在饥寒交迫中病逝，他的著作《新天文学》被列入禁书目录。
4、由于教会把“地心说”同上帝“创世说”联系在一起，所以哥白尼长期被罗马教廷视为“叛教者”。从哥白尼的“日心说”诞生之日起，便受到宗教势力的诬蔑和围攻。他的观点不许宣传讲解，他的研究成果不准发表。罗马教皇把哥白尼的“日心说”宣布为“异端邪说”。德意志宗教改革领导人马丁·路德也讽刺哥白尼说：“今天喜欢卖弄聪明的人总爱选出一些新花样，并且认为凡是自己干的总是好的。只有傻瓜才把整个天文学推翻呢！”在如此艰苦的环境下，哥白尼坚持《天体运行论》的写作达20年之久。
5、意大利科学家布鲁诺（1548—1600）提出了宇宙是无限的和统一的新理论。他所撰写的文章对圣经提出了怀疑，动摇了基督教信仰的基础。1573年，至少有130处宗教裁判所指控他为“异端”；罗马教廷开除了他的教籍。1592年，罗马教皇把长期流亡国外的布鲁诺骗回意大利，宗教裁判所将他投入监狱。布鲁诺被囚禁达七年之久，最后教会宣布对他处以火刑。1600年2月17日，布鲁诺被烧死在罗马鲜花广场上。
6、意大利科学家伽利略也坚持和发展了哥白尼的学说。但教会诬蔑他制造的望远镜是“魔鬼的发明”。说他是“骗子”，是“大逆不道，亵渎神灵”。宗教裁判所在1616年3月公开把哥白尼的著作列为“禁书”时，还警告伽利略必须放弃对哥白尼学说的信仰和宣传。后来伽利略的著作也被教会列入“禁书”。1633年2月，时年70岁的伽利略被传到罗马受审。6月22日，宗教裁判所以攻击亚里士多德和宣扬异端学说的罪名，判他终身监禁。长期的监禁和折磨，使伽利略两耳失聪、双目失明，他的晚年生活十分悲惨。