新疆的建省及其经济文化的发展：
新疆经过严重的阶级斗争及反对外国侵略的斗争，促成清政府改革治理新疆的政策，集中的形式是建立新疆行省。 1877年收复新疆的斗争正顺利进行，左宗棠认为须设行省、置郡县，才能长治久安。伊犁交涉结束后的1884年，清政府决定新疆正式建省，以刘锦棠为新疆省第一任巡抚。
新疆建省后的次第改革有：
①建立一套军政管理制度，消除封建割据政权，置郡县，实行新伊分治。新疆省城设在迪化(今乌鲁木齐市)，伊犁将军仍驻惠远，权力大大削减；
②整顿财政金融，裁兵节饷，统一货币，田赋实行按亩计征制度；
③举办屯田，兴修水利，提倡种桑养蚕，发展农业和缫丝业；
④恢复义学，新增三十多处新义学，开设书局，刊印书籍。
这些改革措施，使新疆一地的经济文化迅速发展，对巩固西北边防，防御沙俄侵略，具有积极的意义。
沙俄侵占伊犁：
伊犁地区包括伊犁河上游及其三条支流(特克斯河、巩乃斯河和喀什河)的流域一带，有惠远、绥定、广仁等九城，最大的是惠远城，是伊犁将军驻扎地，新疆军政中心。该地区雨水充足，土地肥沃，物产丰富。1864年沙俄通过《勘分西北界约记》，吞并我国西北四十四万多平方千米土地，还企图吞并整个新疆。
1871年5月，俄军分两路侵犯伊犁，居民奋起反抗。6月，近两千名俄军再次入侵，7月初占绥定、惠宁、宁远(今伊宁市)等，人民抗俄斗争乃告失败。此后俄军继续扩大占领地区。
俄占伊犁后，曾向清政府表示“以中国回乱未靖，代为收复，权宜派兵驻守”，不久揣度清政府无意收复失地，便又妄图使伊犁“永归俄辖”。俄国对伊犁人民实行残暴的军事统治和经济掠夺。1881年中俄《改订条约》订立，清政府作出重大让步，俄国答应从伊犁撤军。但直到1883年3月，才撤回俄境，统治伊犁达十余年。
左宗棠主张“海防”“塞防”并重：
1874年我国东南、西北边疆正处于多事之秋，引起了清政府内部历时半年的“海防”“塞防”孰轻孰重的争论。
李鸿章是“海防”论者，认为“新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则心腹之患愈棘”，因而反对出兵西征，收复新疆失地，要求把“塞防”经费用以扩充海军之需。
湖南巡抚王文韶是“塞防”论者，认为“海疆之患不能无因而至，其所视成败以为动静者，则西陲军务也。”因而他积极支持西征。此论有其正确之一面，但认为制止了沙俄对西北的入侵，会使东南沿海平安无事，则为一厢情愿之见。
陕甘总督左宗棠则持“海防”与“塞防”并重论。他认为“重新疆者所以保蒙古，保蒙古者所以卫京师”；“若新疆不固，则蒙部不安，匪特陕、甘、山西各边时虞侵秩，防不胜防，即直北关山，亦将无晏眠之日”。所以“时事之宜筹，谟谋之宜定者，东则海防，西则塞防，二者并重”。此论符合中华民族之长远利益，得到朝野普遍赞扬。此次论争，也是清政府下定决心，着手筹建三洋海军之滥觞。
曾纪泽与中俄伊犁交涉：
曾纪泽(1839—1890年)，湖南湘乡人，字劼刚，曾国藩之长子。1878年出使英法。1878—1879年崇厚在俄京交涉伊犁问题，擅订《里瓦吉亚条约》，出卖大量西北土地，清政府认为“流弊甚大”，拒绝批准，并将崇厚革职治罪。1880年2月，清廷任命曾纪泽赴俄京重开谈判。沙俄政府态度蛮横，坚持无理要求，曾纪泽据理力争，谈判很艰苦。左宗棠在国内组织抗俄司令部，表示坚决支持曾纪泽的斗争。1881年2月24日，双方订立了中俄《改订条约》（又称《中俄伊犁条约》）20款。
主要内容：
①俄将特克斯河一带地方和伊犁九城归还中国，中国把霍尔果斯湖以西大片土地割让俄国；
②沙俄勒索900万卢布，作为俄国商民“抚恤费”及俄占伊犁期间的“代守费”；
③允许俄国在伊犁、塔尔巴哈台、喀什噶尔等地通商，开辟新疆至嘉峪关陆路贸易，并在嘉峪关、吐鲁番设立领事馆；
④重勘塔尔巴哈台、喀什噶尔两处中、俄边界。
同《里瓦吉亚条约》相比，《改订条约》部分条款对中国的损害减少些，主要交还了特克斯河流域二万多平方千米的领土。但从根本上说，它们都是沙俄破坏我国领土和主权完整的不平等条约。